تأسس القسم مع تأسيس الكلية عام2015-2016 م تحت مسمى قسم التشريح والأجنة وهو أحد الأقسام الأكاديمية بكلية الطب البشري الزنتان ويقوم بتدريس علم التشريح وعلم الأجنة لطلبة المرحلة الأساسية كلية الطب البشري السنتين الأولي والثانية.